Resulta que el presidente Zelaya (de tendencia de izquierda, afin ala politica de Hugo Chavez)convocó a un referendum para reformar la constitución y grupos del congreso contrarios a el crearon una ley para impedir dicho referendum. Zelaya siguió adelante con su plan, hasta que el congreso, en contubernio con el poder judicial, lo arrestaron y expulsaron del país.

Técnicamente se trata de un golpe de estado y es por eso que los paises miembros de la OEA no reconocen al gobierno golpista, a pesar de su caracter constitucional.

para profndizar en el tema, te recomiendo el sig. artículo, que es bastante comprensible.

http://www.escolar.net/MT/archives/2009/06/las-claves-para-entender-que-pasa-en-honduras.html

Saludos.